A csapat már 1969 óta űzi az ipart, és ők is - mint akkoriban szinte mindenki ebben a műfajban - a nagy ötletgyáros, a (William) Hanna és (Joseph) Barbera páros szellemi gyermekei, akikről kis korunkban mind azt hittük, hogy nők - gondoltam is, milyen vagány csajok, hogy ilyen klassz rajzfilmeket csinálnak. Szóval a Rejtély Rt. rejtélyeket old meg, mert ebből élnek - bár sosem derül ki mi a konkrét tarifájuk -, mindezt pedig már másodszor láthatjuk a moziban hús-vér szereplőkkel. 
 
Ahogy az első részben, tulajdonképpen itt is csapatépítésről van szó. Hőseinket ugyanis valaki le akarja járatni, és ahhoz, hogy kikerüljenek a pácból, megint össze kell rakniuk, amijük csak van. Szülővárosukban, Menőfalván - elég ciki név! - ugyanis egy álarcos rém garázdálkodik, aki egy szörnymasina segítségével újra életre kelti a Rejtély Rt. által eddig leleplezett rémeket. A jóképű Frednek (Freddie Prinze Jr.) és a csini Diananak (Sarah Michelle Gellar) így jócskán vissza kell vennie nagyra nőtt egójukból, míg Vilma (Linda Cardellini) pont az egyik gyanúsítottba zúg bele, a két országos cimbi, a lökött Bozont (Matthew Lillard) és Scooby pedig úgy dönt, hogy nem ártana az önbizalmuknak, ha saját maguk oldanák meg az ügyet. 
 
Eközben mindenki gyanússá válik, aki csak él és a végeredmény most is sok fel-alá rohangálás, sikoltozás, direkt eltúlzott díszletek és idétlen poénok tömkelege. A nagy változás az első részhez képest az, hogy itt már sok pénzből és jól megcsinált, természetesen digitális rémek ijesztgetnek minket az előzőnél sokkal kidolgozottabb történet keretei közt, miközben olyan teljesen korrekt zenék szólnak, mint a Bad Manners, a B-52`s, vagy Fatboy Slim.